Di MaLuku juga banyak terdapat Beberapa kerajaan bercorak Islam. Yang paling terkenal adalah Ternate dan Tidore, selain itu ada pula Kesultanan tanah Hitu dan Bacan.
Kerajaan ternate dan Tidore termasuk kerajaan Tertua di Indonesia. Kerajaan di Mauku ini termasuk kerajaan-kerajaan resmi menyatakan Islam sebagai agama Kerajaan, Salah satu Wali Sanga yang berjasa menyampaikan Agama Islam di Maluku adalah Sunan Giri, Sultan Ternate masuk Islam pada tahun 1485. Langkah itu diikuti oleh rakyatnya.
Wilayah Maluku adalah wilayah yang kaya akan rempah-rempah oleh nsebab itu, jalur diwilayah ini sangat ramai , tidak hanya kerajaan Maritim, Kerajaan ternate dan Tidore juga Kerajaan Agraris, tanah di tempat ini sangatlah subur, tetapi tanah di kerajaan Ternate lah yang paling banyak dikunjungi pedagang, sehingga kerajaan inipun lebih cepat berkembang, dengan keadaan iini kerajaan Tidore merasa iri hati, perselisihanpun sering terjadi diantara keduanya.
Ketika Portugis masuk pada tahun 1521, ia memihak kepada kerajaan ternate, sedangkan Tidore dibantu oleh Spanyol, peperanganpun tidak bias dihindari, ketika kedua belah pihak menandatangani perjanjian Saragosa.
ZAainal Abidin (1486-1805) adalah Sultan Ternate yang di anggap benar-benar memeluk Islam, puncak Kejayaan kerajaan Ternate terjadi ketika dipimpin Oleh Sultan Khairun.ia sangat membenci penjajahan terutama Portugis dan berjuang untuk memeranginya, perjuangannya akhirnya dilanjutkan oleh Sultan Baabullah (1570-1583). Sultan Khairun harus menghadapi hukuman pancung yang dijatuhkan Portugis. Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis pada tahun 1575.
Pada saat Pangeran Nuku (1780-1805)berkuasa, Maluku ada pada masa Keemasannya. Ia bias mengusir Belandadari Maluku, walaupun dengan bantuan Inggris.
